Visualisation des résultats
Le package contient également deux outils de visualisation des résultats. Le premier permet de réaliser un timelapse permettant de visualiser les résultats à chaque date Sentinel-2 utilisée, avec en fond les données Sentinel-2 en RGB, avec un slider pour naviguer entre les différentes dates. Le deuxième permet de visualiser pour un pixel en particulier la série temporelle de l'indice de végétation avec le modèle associé, le seuil de détection d'anomalies et les détections associées.
Créer des timelapses
ENTRÉES
Les paramètres en entrée sont :
- data_directory : Le chemin du dossier dans lequel sont écrits les résultats déjà calculés, et dans lequel seront sauvegardés les timelapses
- shape_path : Chemin d'un shapefile contenant des polygones ou des points utilisés pour définir la zone des timelapses
- name_column : Nom de la colonne contenant l'identifiant ou nom unique du polygone ou point si shape_path est utilisé. (Par défault : "id")
- x : Coordonnée x dans le système de projection de la tuile Sentinel-2. Pas utilisé si le timelapse est défini à partir d'un shapefile par le paramètre shape_path.
- y : Coordonnée y dans le système de projection de la tuile Sentinel-2. Pas utilisé si le timelapse est défini à partir d'un shapefile par le paramètre shape_path.
- buffer : Zone tampon autour des polygones ou des points pour définir l'étendue du timelapse.
- vector_display_path : Optionnel, chemin d'un vecteur à afficher dans le timelapse, peut contenir des points, des lignes et des polygones.
- hover_column_list : String ou liste de strings correspondant aux colonnes du fichier vector_display_path, dont les informations seront affichées en plaçant la souris sur ses objects. A utiliser seulement si vector_display_path est utilisé
- max_date : Exclut du timelapse l'ensemble des dates Sentinel-2 après cette date (format : "AAAA-MM-JJ"). Par défaut, le timelapse utilise l'ensemble des dates Sentinel-2 disponibles.
- show_confidence_class : Si True, le dépérissement détecté est indiqué avec la classe de confiance, indicative de l'état du pixel à la dernière date utilisée, telle que vectorisé à l'étape 05_export_results
- zip_results : Si True, les fichiers html contenant les timelapses sont transférés dans un fichier zip compressé.
Les paramètres indispensables sont data_directory ainsi que shape_path ou x et y.
SORTIES
Les sorties sont dans le dossier data_directory/Timelapses, avec pour chaque polygone ou point un fichier .html avec comme nom de fichier la valeur dans la colonne name_column si réalisés à partir de shape_path, ou x_y.html si réalisé à partir de coordonnées. Si zip_results vaut True, les timelapses crées sont zippés dans un fichier Timelapses.zip. Zipper les fichiers html réduit leur poids de 70%.
Cet outil peut ne pas fonctionner sur des zones trop larges, il est recommandé d'éviter de lancer cette opération sur des zones de plus d'une vingtaine de km².
ANALYSE
Le slider permet de se déplacer temporellement de date SENTINEL en date SENTINEL L'image correspond aux bandes RGB des données SENTINEL Les résultats apparaissent sous forme de polygones :
- Le déperissement détecté apparait en blanc, ou du blanc au rouge selon la classe de confiance si show_confidence_class vaut True. Si la détection inclu la détection de sol nu (see 01_compute_masked_vegetationindex) :
- Polygones noirs : sol nu
- Polygones bleus : zones détectées comme coupe sanitaire (zones détectées comme sol-nu après avoir été détectées comme dépérissantes)
Les pixels hors du masque végétation utilisé, ou invalides car n'ayant pas assez de dates pour calculer un modèle d'indice de végétation, ou ayant trop de périodes de stress, apparaissent en gris avec la légende "Permanently masked pixels".
Une légende est incluse, un clic sur un élément de la légende permet de le rendre invisible, un double clic en fait le seul élément visible sur le graphique.
Les résultats apparaissent à partir de la première anomalie, confirmée par la suite. Les fausses détections liées à un stress hydrique temporaire et corrigées par la suite n'apparaissent pas. De même, pour les dernières , il peut y avoir des anomalies n'apparaissant pas encore par manque de valides pour confirmer la détection.
Si vector_display_path est renseigné, les points, lignes ou polygones à l'intérieur du shapefile sont affichés en violet foncé. L'utilisateur peut déplacer la souris sur les objets pour obtenir les informations des colonnes listées dans hover_column_list. Il est également possible de zoomer sur la zone souhaitée en maintenant le clic enfoncé tout en délimitant une zone. Il est ensuite possible de faire un zoom arrière en double-cliquant sur l'image. Passer la souris sur un pixel permet également d'obtenir ses informations :
- x : coordonnées en x
- y : coordonnées en y
- z :
[<réflectance dans le rouge>,<réflectance dans le vert>,<réflectance dans le bleu>], c'est à dire la valeur de la bande SENTINEL correspondante à la date donnée.
Utilisation
A partir d'un script
A partir d'un shapefile contenant les zones d'intérêt
from fordead.visualisation.create_timelapse import create_timelapse
create_timelapse(data_directory = <data_directory>,shape_path = <shape_path>, buffer = 100, name_column = "id")
A partir de coordonnées
from fordead.visualisation.create_timelapse import create_timelapse
create_timelapse(data_directory = <data_directory>, x = <x>, y = <y>, buffer = 100)
A partir de l'invité de commande
fordead timelapse [OPTIONS]
Voir documentation détaillée sur le site
Créer des graphes montrant l'évolution de la série temporelle
ENTRÉES
Les paramètres en entrée sont :
- data_directory : Le chemin du dossier dans lequel sont écrits les résultats déjà calculés, et dans lequel seront sauvegardés les graphes
- x : Coordonnée x dans le système de projection de la tuile Sentinel-2. Pas utilisé si le les points sont définis à partir d'un shapefile par le paramètre shape_path.
- y : Coordonnée y dans le système de projection de la tuile Sentinel-2. Pas utilisé si le les points sont définis à partir d'un shapefile par le paramètre shape_path.
- shape_path : Chemin d'un shapefile contenant les points où les graphiques seront réalisés. Pas utilisé si le les points sont définis à partir des paramètres x et y.
- name_column : Nom de la colonne contenant l'identifiant ou nom unique du point (Par défaut : "id") si shape_path est utilisé.
- ymin : ymin limite du graphe, à adapter à l'indice de végétation utilisé (Par défaut : 0)
- ymax : ymax limite du graphe, à adapter à l'indice de végétation utilisé (Par défaut : 2)
- chunks : int, Si les résultats utilisés ont été calculés à large échelle, donner une taille de chunks (ex : 1280) permet d'importer les données de manière à sauvegarder la RAM.
SORTIES
Les sorties sont dans le dossier data_directory/TimeSeries, avec pour chaque point un fichier .png avec comme nom de fichier la valeur dans la colonne name_column, ou le format Xx_coord_Yy_coord.png si les coordonnées sont utilisées.
Utilisation
A partir d'un script
A partir d'un shapefile contenant les zones d'intérêt
from fordead.visualisation.vi_series_visualisation import vi_series_visualisation
vi_series_visualisation(data_directory = <data_directory>, shape_path = <shape_path>, name_column = "id", ymin = 0, ymax = 2, chunks = 100)
A partir de coordonnées
Les coordonnées doivent être fournies dans le système de projection de la tuile Sentinel-2.
from fordead.visualisation.vi_series_visualisation import vi_series_visualisation
vi_series_visualisation(data_directory = <data_directory>, x = <x_coord>, y = <y_coord>, ymin = 0, ymax = 2, chunks = 100)
Depuis boucle prompt
Si ni x et y, ni shape_path ne sont donnés, l'utilisateur sera invité à donner soit des coordonnées X et Y dans le système de projection des données Sentinel-2 utilisées, soit les indices de pixels à partir de (xmin,ymax) de toute la zone, ce qui peut être utile si un timelapse a été créé sur toute la zone calculée, auquel cas l'indice correspond aux coordonnées dans le timelapse.
Après chaque tracé, l'utilisateur est invité à donner de nouvelles coordonnées. Entrez X = -1 pour terminer la boucle. Entrez
from fordead.visualisation.vi_series_visualisation import vi_series_visualisation
vi_series_visualisation(data_directory = <data_directory>, ymin = 0, ymax = 2, chunks = 100)
NOTE : Le paramètre chunks peut être ignoré seulement si la zone calculée est petite.
A partir de l'invité de commande
fordead graph_series [OPTIONS]
Voir documentation détaillée sur le site
EXEMPLE
